Hoekstra Injectie werkt door het bestrijdingsmiddel onder lage druk rechtstreeks in het houtwerk van de molen te injecteren. Dit proces zorgt ervoor dat er meer bestrijdingsmiddel in het hout wordt opgenomen dan bij traditionele methoden. Dit verhoogt de doeltreffendheid van de behandeling.
Bovendien elimineert Hoekstra Injectie de noodzaak van injectoren, waardoor er minder en kleinere injectiegaten nodig zijn. Het verminderen van het aantal en de omvang van de injectiegaten is van groot belang voor het behoud van het historische karakter van traditionele koren- en poldermolens.